１、校标整体图案呈圆形，由两个同心圆组成。标志整体形式为圆形，是团结协作和向心力、凝聚力的象征。外环上半部分为福建师范大学闽南科技学院英文名称“FUJIAN NORMAL UNIVERSITY MINNAN SCIENCE AND TECHNOLOGY INSTITUTE”，下半部分为 “2001”，表示我校办学起始的年份。

2、校标内圆主体部分为福建师范大学闽南科技学院的标志性建筑菲华教学楼。上端三层叠加的构图，既象征书本和学位帽，又寓意不断跨上新台阶。图案中央三道灵动的线条，寓意培养学生成为“专业的人”、“文化的人”、“世界的人”。核心图案由“闽科”二字的声母“M”与“K”组合而成；左右12根立柱庄重大方，饱含中国传统的哲学意味和吉祥文化，富有装饰美感。

3、内圆中还有校名“福建师范大学闽南科技学院”，为集赵朴初书法体；下方为“花”形打开的书籍，代表知识的海洋，广袤的书海和圆满和谐的秩序有机融合，有凝聚人心、和谐进步的意境。

4、校标的颜色选取红色。红色的基调是中国的传统色，充满青春和活力，寓意青年学子和新兴的闽南科技学院朝气蓬勃、热烈奔放，不断创造新的辉煌。